El Archivo de la Academia Nacional de la Historia conserva algunos fondos documentales que le han sido donados. Las labores del Archivo son supervisadas por una Comisión Académica. Actualmente se encuentran disponibles para la consulta los siguientes fondos y colecciones documentales:
Colección Enrique Fitte 1501-1960
Fondo David Peña 1860-1930
Fondo Estanislao S. Zeballos 1871-1924
Fondo Francisco Pico 1782-1875
Fondo Manuel García Mansilla 1870-1918
Fondo Manuel Malbrán 1901-1942
Fondo Miguel Navarro Viola 1780-1954
Fondo Norberto Quirno Costa 1781-1914
Fondo Raúl A. Molina 1914-1973
Fondo Ricardo López Jordán 1860-1917
Fondo Roque Sáenz Peña 1822-1914
Fondo Enrique Udaondo 1872-1962
Fondo José Vicente Anzoátegui 1835-188
Fondo Arturo Frondizi 1958-1962